傅山的诸子研究本身也多具独创精神。
傅山对荀学的研究强调，《荀子》一书“不全儒家者言，而习称为儒者，不细读其书也。有儒之一端焉，是其辞之复而啴者也，但其精挚处则即与儒远而近于法家，近于刑名家；非墨，而有近于墨家者言。”他还认为，荀子的《天论》与后期墨家相通在于“荀子屡有非墨之论”[8]，从而赞扬了荀子不受儒家束缚、兼收并蓄的精神。
傅山重视发挥诸子中的功利思想，与把战国时期的纵横家视为谋取私利、唯利是图小人的传统见解截然相反，他主张不管什么马，能骑就是好马，以社会功利为标准来衡量人才的优劣。傅山在注《庄子》时重视发展观。认为社会在不断地变化，事在变、道在变，是非观念也在变，这是客观自然的。道的变化永无止境，对道的体认也不应自设界限，故步自封，应根据时代的发展与变化调整自己，使之适应这一发展。傅山还分析公孙龙的逻辑思想。他在指出公孙龙与老庄相同之处后，揭示公孙龙思想的核心是“离”。