戊戌变法的帷幕拉开后,孙家鼐积极支持、多次建言献策。比如,五月二十九日(7月17日),他连上三折,对于促进维新大业健康发展意义深远。
第一件,向光绪皇帝上了一道《请严旨禁悖书折》,对断章取义搞著述、四处树敌的康梁派予以警告。孙家鼐写道:“臣阅读康有为的《孔子改制考》……臣以为,康有为书中,凡有关孔子改制称王等字样,应该明降谕旨,亟令删除,实于人心风俗大有关系。”光绪当即降旨:“著孙家鼐传知康有为遵照。”
第二件,上了一道《请饬刷印〈校邠庐抗议〉颁行疏》:“……臣观冯桂芬、汤寿潜、郑观应三人之书,以冯桂芬《抗议》为精密。……拟请饬下直隶总督刷印一二千部,交军机处,再请皇上发交部院卿寺堂司各官,发到后,限十日,令堂司各官,将其书中某条可行,某条可不行,一一签出,或各注简明论说,由各堂官送还军机处,择其鉴出可行之多者,由军机大臣进呈御览,请旨施行。”孙家鼐的建议一箭三雕:一是为变法提供理论依据,进行思想发动;二是在朝廷重臣中大张旗鼓、光明正大地进行一次“火力侦察”,借“加签”了解每个人对变法的真实想法,为光绪帝选贤任能提供参考;三是广开言路,让大家借“简明论说”为变法事业献计献策。光绪当即降旨:“荣禄迅即饬令刷印一千部,克日送交军机处,毋稍迟延。”8月1日,又令将《校邠庐抗议》发各衙门加签。戊戌变法夭折时,慈禧下令清理光绪宫中的新政档案,对孙家鼐的此举“深为不悦”,“慈圣闻之,微愠云:‘不意孙家鼐亦附和。’外间揣测,以为公将得罪。”⑻