另外，校本课程开发欠规范、合理和有效。尽管现在全国许多地方以研究性学习为代表的校本课程开发搞得似乎有声有色，但是即便是研究性学习实施得比较好的学校，在规划这门课程、选题、实施、评价、指导、学生之间合作、教师培训、安全问题管理等方面，还拿不出一套比较成熟的经验。可想而知，以前在同样由学校开发的活动课程中普遍出现过的“课程设置盲目性”“活动空壳化”“课程低效”等问题，在今天的校本课程开发中依然存在。
新一轮课程改革必须把课程当作一种系统工程来设计，并把课程结构作为这一系统工程建设的突破口。一般来说，义务教育课程结构涉及的问题从纵向来看，主要是依照党的教育方针和素质教育的理念，如何设计义务教育的各个阶段及其管理权力的分配，以确保每一个儿童都享有学习的权利；从横向来看，主要是在每一个教育阶段如何有计划地安排儿童的学习机会以及需要达到的基本标准，以利于每一个儿童的全面的、均衡的发展。这两方面的问题集中体现在怎样处理好分科性与综合性、统一性与选择性、持续性与均衡性这三对矛盾之中。而依据国际课程发展趋势、课程现代化的要求以及我国的国情和教育传统，要重建新的课程结构，尤其要特别关注义务教育阶段课程的综合性、选择性与均衡性。