当时，江苏都督齐燮元一向支持郭的学校。但是，在1924年9月，齐与浙江军阀发生了战争。齐把全省一切财政收入转为军费，中止了学校经费。1924年秋，战争以直系军阀与齐燮元的失败而告终，这时，郭正忙于阻止教职员工的索薪斗争。
当时的胜利者之一段祺瑞比他的盟军孙中山先生及其国民党抢先一步，于1924年底攻占了北平。段指定马叙伦任教育部长，他根本想不到马竟然在不久以后成为国民党在北平的地下组织成员之一。马叙伦成为国民党地下组织宣传部门的负责人。回顾东南大学的事件，这是个很重要的线索，因为马叙伦和东南大学中与郭秉文持不同意见的教授一向就有密切的革命联系，有的甚至可上溯至1911年。特别是东南大学科学社的杨杏佛教授，更是马叙伦的老熟人。杨杏佛在校内一向公开反郭，一直到1924年，他被郭秉文从东南大学清洗出去为止。郭之被免职，根本原因就在于1924年后北方国民党人的影响。
杨杏佛是毕业于康奈尔大学与哈佛大学的留学生，他既是郭秉文聘用的人也是郭秉文的眼中钉。杨杏佛曾积极参加推翻清朝的革命，1912年任孙中山的私人秘书。第二年政府送他去康奈尔大学学习。他的经历不同于其他学生。郭曾在俄亥俄州的奥斯特（Wooster）大学攻读学士。1919年，郭秉文任用杨杏佛为商科主任。这时，杨杏佛坚决支持孙中山，完全支持消灭北方的军阀势力。他是科学社中一位有影响的人物。由于东南大学的扩展，杨杏佛的一些志同道合的朋友相继被聘为理科教员。他们同北平的早期革命者都有直接的联系，同浙江派例如马叙伦等也有直接的联系。