由于宋学著作付梓的日渐增多，汉学研究在日本也成为一门独立的学术。歧阳方秀的弟子云章一庆，对程朱理学研究多年，他的著作《理气性情图》、《一性五性例儒图》是日本已知研究宋学理气最早的专门著作。云章一庆的弟弟一条兼良也著有《四书童子训》，这是一部讲述《四书集注》的讲义。研究宋学的专门著作在15世纪末至16世纪上半叶相继问世，表明宋学已经深入日本的学术界，成为占统治地位的思想。15世纪下半叶，日本宋学逐渐形成京师朱子学派（以歧阳方秀为代表）、萨南学派（以桂庵玄树为代表）、海南学派（以南村梅轩为代表）和博士公卿派（以清原业忠、一条兼良为代表）四大学派。
江户幕府的创立者德川家康，尤其推崇儒学。1593年，他召见日本大儒藤原惺窝。藤原惺窝宣扬朱子和汉唐儒学，他著有《四书》、《五经》训点本，得到广泛的流传。其弟子林罗山是江户时代（1603—1868年）日本的文教宗师，他笃信朱子学说，为江户时代的官学奠定了基础。
后来，阳明学也开始传入日本。“近江圣人”中江藤树吸收和发挥了阳明心学的积极因素，成为日本阳明学的开山祖师。此后，阳明学在日本迅速流传，对日本的明治维新产生了很大的影响，正如章太炎所言：“日本维新，亦由王学为其先导。”[7]可见阳明学对日本影响之大。